대한민국 정부는 핵무기 개발을 몰래 추진할 계획을 세우는 가운데, 이를 저지하기 위한 세력들이 움직이기 시작한다. 엘리트 요원 정우는 그림자 단체와 손혁을 저지하기 위해 목숨을 건 싸움을 시작한다.
에피소드 1
북한 원자력 연구소장인 김명국 박사의 행방이 묘연해진지 어느덧 3년이 흘렀다. 이는, 명호가 몰래 김 박사의 망명을 돕고 있기 때문이었는데 어느 날, 명호는 그의 망명계획이 탄로 난거 같다는 보고를 받게 된다. 사태를 수습하고, 성공적으로 김 박사의 망명계획을 완료하기 위해 명호는 특수임무를 맡길 팀을 꾸릴 것을 용관에게 지시한다. 한편, 모든 작전을 완벽하게 수행하는 첩보요원 정우는 그의 능력을 인정 받아 NTS 특별요원으로 차출된다.
에피소드 2
김명국 박사의 망명작전이 러시아에게 발각되고, 특별 팀으로 꾸려진 NTS는 이를 수습하려 노력한다. 한편, 정우는 이탈리아에서 수행하게 될 특수 임무 파트너로 혜인을 만나자, 기쁨을 감추지 못한다. 함께 저택에서 열리는 호화로운 파티에 잠입한 둘은 2인1조로 작전을 수행한다.
에피소드 3
북한 특사 철영은 북한에서 사라진 김명국 박사가 한국에 있다는 정보를 듣고 대통령인 명호를 찾아온다. 그리고 김명국 박사를 노리는 또 다른 사람인 손혁과 팽팽하게 대치한다. 한편, 대통령의 외동 딸인 수영은 이탈리아에서 유학 중이었는데, 김명국 박사를 얻기 위한 러시아의 계락으로 납치당한다.
에피소드 4
납치된 수영을 구출하려 정우가 빠르게 뒤쫓아보지만 끝내 놓치고만다. 결국, 이탈리아에 NTS 팀이 꾸려지지만, 상대는 김명국 박사와의 맞교환을 요구한다. 명호는 차마 자국의 안위를 포기할 수 없어, 협상은 결렬된다. 보다못한 최 실장이 미국에 도움을 요청하고, 미국은 DIS 동아시아 지부를 작전에 투입시킨다. 지부장인 손혁은 이탈리아에서 정우와 처음 만나게 된다.
에피소드 5
대통령 딸 구출 작전의 지휘권을 쥔 손혁이 DIS 요원들과 함께 수영 구출 작전에 돌입한다. 한편, 안보전시장에서 아이들과 함께 있는 혜인을 보고 첫 눈에 반한 정우는 이탈리아에서 솔루션 요원으로 다시 만나게 된 혜인을 보고 기쁨을 감출 수 없다. 정우는 혜인에게 계속해서 호감을 들어내고 혜인이 갑작스럽게 사라지자, 아쉬운 마음을 떨칠 수 없다. 한편, 귀국한 정우는 NTS 에서 혜인과 재회한다.
에피소드 6
비밀조직 아테나 소속 요원인 혜인은 이중스파이로 NTS에 합류한다. 한편, 김명국 박사의 거처를 옮기던 중 김 박사의 거처가 폭발하는 사건이 발생한다. 이를 수상히 여긴 손혁은 혜인에게 진상을 조사해보라고 명한다. 혜인은 철저하게 자신의 신분을 속인 채 NTS 의 극비사항을 아테나에 보고한다.
차승원
수애
정우성
김민종
최시원
이지아
황정현
김명준
김현준
이동준
