유희와 친구들을 따라 유희의 할아버지 카드샵을 찾아간 카이바는 유희의 할아버지 유별난이 가진 레어 카드 푸른 눈의 백룡을 얻기 위해 듀얼을 신청한다.

유희 앞으로 온 비디오테이프. 그건 듀얼 몬스터즈를 탄생시킨 천재 게임 디자이너 페가수스가 보낸 것이었다. 천년 아이를 가진 페가수스는 유희에게 어둠의 게임을 제안하는데...

유희는 할아버지를 구하기 위해 페가수스가 주최하는 듀얼 결전에 나선다. 그런데 막대한 상금이 걸려 있단 말을 듣은 조이는 동생의 수술비를 마련하기 위해 유희를 따라나선다. 듀얼리스트 킹덤에 가기 위해 올라탄 배에는 쟁쟁한 듀얼리스트들이 모여 있는데...

유희는 전국대회 우승자 사마준과 듀얼을 펼친다. 하지만 듀얼리스트 킹덤의 새로운 규칙 때문에 고전하는 유희는 사마준의 곤충 공격으로 궁지에 몰리고 만다.

유희가 사마준에게 공격을 성공하며 이겼다고 생각한 순간, 사마준은 비장의 카드 진화의 고치를 꺼내 든다. 진화의 고치는 라바모스와 결합해 다섯 턴 뒤에 궁극 완전체 그레이트 모스가 된다. 결국 승부는 또 다시 미궁 속으로 빠져드는데...

동생의 눈을 고치기 위해 대회에 참가한 조이는 메이 발렌타인과 듀얼을 시작한다. 그런데 메이 발렌타인은 카드를 뒤집지 않고도 그 카드가 뭔지 알아내는 신기한 카드 트릭을 쓴다. 이에 정신을 빼앗긴 조이는 제대로 싸우지도 못하는데...