대학 선배에게서 인턴 제의를 받아 서울에 상경한 작가 지망생 윤종우는 도착하자마자 연이어 불운한 일들을 겪는다. 여러 고시원들을 돌며 살 만한 곳을 찾아보던 종우는 높은 가격에 등 떠밀려 재개발 예정 지역의 위치한 에덴 고시원을 선택하게 된다. 허름하고 노후된 에덴 고시원의 시설에 종우는 연달아 경악하고, 고시원의 주민들은 저마다 뭔가 이상한 점이 있는 것 같다.

에덴 고시원에서의 소란스러운 첫날밤을 보내고 종우는 첫 출근을 한다. 소정화 순경은 연쇄 살묘 사건을 조사하던 중 에덴 고시원 306호에 거주하는 변득종을 만난다. 살해당하는 악몽에 고통받던 310호의 안희중은 에덴 고시원의 4층에서 충격적인 비밀을 발견한다.

종우는 옥상에서 옆 방에 살고 있는 남자, 304호 서문조를 만나고 서문조가 자신과 말이 잘 통한다고 생각하고 긴장을 푼다. 한편 소정화는 지구대에서 실종된 외국인 노동자의 아내를 만나 예상치 못한 사실을 알게 되면서 306호 변득종을 향한 의심이 짙어지고... 회사에 출근한 종우는 처음 해보는 업무에 어려움을 겪고 회사 상사인 박병민에게서 인신 공격을 당한 뒤 지친 몸으로 퇴근하던 중, 고시원 앞에서 어딘가 오싹한 광경을 목격하게 되는데!

함께 맥주를 마시던 중 서문조의 이상한 농담에 꺼림칙해진 종우는 서둘러 자리를 피하고... 갑자기 사라진 310호 안희중과 302호 유기혁의 행방이 의아하던 차에 313호 홍남복까지 칼을 들고 종우를 위협하는 상황이 벌어지자 고시원에서 지내는 시간이 점점 불안해진다. 그러던 중 '에덴 고시원'으로 찾아온 소정화와 우연히 만나게 된 종우. 그는 고시원 주인 엄복순이 자신에게 거짓말을 했다는 사실을 알게 되고, 소정화는 종우를 통해 다른 의문점을 발견하는데!

자신의 노트북이 켜져 있는 것을 발견한 종우는 누군가 방에 들어왔다고 생각하고, CCTV를 통해 홍남복에게서 의심스러운 정황을 파악하자 홍남복을 찾아가 그를 몰아세운다. 서문조는 그런 종우를 따로 불러 조언을 하고, 종우는 서문조에게 묘한 이질감을 느낀다. 한편, 회사에서 의문의 전화를 받게 되고 점차 불안감이 커지는 종우. 회식 자리에서 자신을 지켜보고 있는 누군가의 시선을 발견하고 섬뜩한 기분에 휩싸이는데!

술에 취해 지구대에서 자던 종우는 여자 친구 민지은이 자신을 찾으러 혼자 에덴 고시원으로 갔다는 소식을 듣고 소정화 순경과 함께 고시원으로 달려간다. 지은은 아무 일이 없었음에도 불구하고 자신을 격하게 다그치는 종우를 이해하지 못하고 짜증이 나서 집으로 돌아간다. 고시원에 들어오고 점점 자신이 공격적으로 변하는 것을 느낀 종우는 카메라에 찍힌 자신의 모습을 보고 충격에 빠진다.