수많은 오타쿠 문화가 제거된 2011년의 일본. 아키바에서 농성하며 압정에 저항하는 오타쿠 혁명군의 젊은 리더 오타쿠 히어로는 혁명을 향한 열의를 잃어가고 있었다. 질서 유지 조직 SSC에 의한 총공격에 그를 따르는 마법소녀 아나키의 목숨을 건 호소가 아키바의 하늘을 불태운다. 붙잡힌 마법소녀 블루를 구출하기 위해 혁명군은 감옥 요새 '빅사이트'에 습격을 감행하는데!

블루 구출에 성공한 오타쿠 히어로와 아나키는 수수께끼의 동물 쿄타로와 함께 마지막 마법소녀 핑크의 행방을 쫓는다. '좋아하는 것을 좋아하는 만큼 좋아할 수 있는 세계'를 되찾기 위해 함께 싸우자고 말했지만 괴상한 공간에서 미친 듯 춤추며 오타쿠들의 공주가 되어 있던 핑크는 완고하게 거부했다. 각오를 시험받기 위해 알약을 입에 넣은 아나키와 블루. 그것은 극채색으로 된 핑크의 뇌내 세계로 가는 입구였는데!

모습을 드러낸 SSC 사천왕 중 한 명 슬레이어. 아나키는 그녀를 보고 복잡한 감정을 품게 된다. 한편, 사랑해 마지않는 강합금 로봇의 수리 때문에 분주한 오타쿠 히어로는 그것을 그만 칸다가와에 떨어트리고 말았다. 그때, '만세이바시 오타쿠 코뮌'이라고 자신들을 소개한 중년 남자들이 나타난다.어째선지 혁명군을 싫어하고 꺼리는 올드 오타쿠들. 칸다의 수면에서 '오타쿠란 무엇인가'를 건 세대 간 대결의 막이 올랐는데!

오타쿠 히어로 일행이 나카노 보관고를 습격한 같은 시각, 아키바 해방구는 SSC의 총공격을 받고 있었다. 위기를 감지하고 서둘러 아키바로 향하는 오타쿠 히어로. 그의 뇌리에 떠오르는 아나키, 블루, 핑크와의 과거. 눈 내리는 크리스마스이브에 나타난 소녀들과의 인연, 그리고 원수 SHOBON과의 만남이 교차한다.