블루 아카이브 The Animation

재정 문제로 폐쇄 직전에 있는 아비도스 고등학교. 그리고 학교를 살리기 위해 고군분투하는 대책위원회가 있다. 대책위원회의 위원장인 호시노를 비롯한 아이들은 오늘도 학교를 살리기 위한 회의를 시작한다. 그리고 그들 앞에 갑자기 선생님이 나타나는데....

키보도스의 총학생장이 남긴 태블릿, 싯딤의 상자를 들고 아비도스에 오게 된 선생님. 선생님은 아비도스의 상태를 확인한 후, 자신도 아이들을 돕기로 결심한다. 그러던 중 카타카타 헬멧단이 쳐들어 오고 선생님과 학생들은 힘을 합쳐 싸우는데....

어떤 일이든 돈만 주면 다 한다는 흥신소 68. 하지만 일이 실패로 돌아가자 빈털터리 신세로 전락하고 라면 한 그릇을 나눠먹기 위해 시바세카 라면 집을 방문한다. 그리고 그곳에서 우연히 만난 아비도스 대책위원회들. 흥신소 68의 사장인 아루는 그들이 다음 타깃인 아비도스 학생이라는 것을 모른 채 즐거운 시간을 보내는데....

카타카타 헬멧단과 전투 중 얻은 부품이 블랙마켓에서 유통된다는 것을 알게 된 대책위원회. 선생님과 대책위원회 아이들은 블랙마켓으로 향하고 그곳에서 곤란에 빠진 트리니티의 히후미를 도와준다. 그 후 우연히 자신들의 빚을 수금하는 카이저 론 현금 수송차가 블랙마켓의 악명높은 사채은행으로 들어가는 것을 보게 되는데....

아비도스 대책위원회는 카이저 론에서 뺏어온 서류를 검토하다 자신들이 갚은 돈이 카타카타 헬멧단으로 흘러 들어가는 것을 알게 되어 충격을 받는다. 한편 흥신소 68의 아루는 돈 문제로 고민에 빠지고, 그 외 멤버들은 아비도스를 습격할 계획을 짠다. 아루의 배에서 나는 소리에 다 함께 시바세키 라멘 가게를 가게 되고, 뜻하지 않게 가게를 폭파하고 마는데....

아비도스 대책위원회의 아이들과 흥신소 68의 대치 중 갑자기 날아온 폭격. 그리고 게헨나 선도부의 등장. 게헨나 선도부는 흥신소 68을 잡기 위한 거라며 협조를 요구하지만 대책위원회의 아이들은 이를 거부한다. 그리고 그들의 속셈이 흥신소 68이 아니라 샬레 소속인 선생님인 것을 알게 되어 전투가 시작되는데.... 흥신소 68은 대책위원회에 미안하다며 그들과 같이 싸움에 나서게 된다.