아시나카 학원 고등학교는, 하나의 섬으로 이루어진 특이한 학교이다. 학교 옥상에서, ‘시로’라고 불리는 ‘이사나 야시로’는, 어린 고양이 한 마리와 점심을 먹고 있었다. 점심 식사 후, 같은 반 친구인 구쿠리에게 학예회 준비 심부름을 부탁 받은 시로는, 다리를 건너 거리로 향한다. 하지만 그곳에서 왠지 무서운 표정의 남자들로부터 쫓기게 되는데...

시로의 앞에 나타난 야토가미 쿠로라는 소년은 불가사의한 권술을 사용해 시로를 궁지에서 구해 준 것처럼 보였다. 하지만 그 소년도, 기억도 하지 못하는 시로를 죽이려 한다. 시로는 순간의 재치로 그에게서 도망쳐 나오지만, 야토가미 쿠로는 학교섬의 기숙사까지 뒤쫓아 온다. 한편 시로와 함께 있던 어린 고양이가 갑자기 미소녀로 변하는데...

잠시 휴전을 하고 시로의 방에서 아침 식사를 하는 시로와 쿠로, 그리고 수수께끼의 미소녀, 네코.

시로를 일곱 명의 왕 중의 하나인 ‘무색계의 왕’이라 부르는 쿠로. 쿠로에게 처단되지 않기 위해, 시로는 도츠카 타타라의 살해의 누명을 벗어야만 한다. 학교 안을 돌아다니며 자신의 알리바이를 증명하려는 시로와 그 옆을 꼭 붙어 다니는 네코. 한편, 청국의 크란과 적국의 크란은 시로에 대한 단서를 얻게 되는데…

시로는 알리바이를 증명할 수 있었지만, 자신의 방 옷장에서 피가 뭍은 옷을 발견하고 만다. 한편 시로는 마음의 동요를 숨긴 채, 쿠로랑 네코와 함께 학예회에 물건을 판매하러 나온다. 같은 시각, 셉터4의 아와시마와 후시미, 호무라의 야타와 카마모토가 학교 안으로 몰려온다. 악연이 있는 야타와 후시미는 그곳에서 서로를 인정하게 되는데…

적색의 크란과 청색의 크란 모두 시로의 소재를 파악하는데 실패하고 만다. 시로는 자신의 정체에 대해 다시 의문을 품게 된다. 한편 셉터4의 아와시마 부장이 바‘호무라’에 방문하여, 쿠사나기로부터 호무라 팀 내의 유대감에 대해 듣게 된다. 수수께끼에 쌓여 있던 사건의 전모가 조금씩 드러나는데...