갑자기 수수께끼의 남자에게 습격당한 이치노세 시키. 양아버지인 츠요시에게 이끌려 도망치던 중, 출생의 비밀을 알게 된다. 사실 시키는 '오니'의 피를 잇는 존재이며 '모모타로'의 피를 잇는 자들의 '모모타로 기관'의 표적이 된 것이라고...

모모타로에 대항하는 조직 '오니 기관'의 일원 무다노 나이토. 싸움으로 부상당한 시키를 회수하고, 그가 의식을 되찾자마자 심사를 시작한다. 오니의 피에 눈 뜬 시키가 오니 기관에 유용한 인재인지 냉철하게 판단하려는 것이었다.

라세츠 학원 입학 첫날. 시키를 포함한 신입생들에게 주어진 과제는 무다노와의 '숨바꼭질'. 지면 즉시 퇴학이라는 규칙이다. 한편 시키는 같은 1조의 코우가사키 진이 걸어 오는 도발에 시작하자마자 싸우기 시작한다.

혈식해방을 성공한 시키는 총을 만들어 피의 거인을 쓰러뜨리지만 피를 너무 많이 사용한 탓에 행동 불능 상태가 된다. 한편 코우가사키는 쓰러진 시키나 호마레는 내버려 둔 채 '술래를 죽이면 즉시 졸업'이라는 특별 규칙을 노리고 무다노에 도전한다.

오니 기관 교토지부의 위기를 알게 된 무다노는 학생들을 데리고 도우러 간다. 교토에서는 모모타로 기관 전투 부대의 대장 모모미야 츠바키리가 부대장 모모쿠사 요모기 등과 함께 오니들을 습격, 무서운 계획을 진행하려 하고 있다.

츠바키리의 세균이 심겨 있던 오니의 시신이 사람들을 덮치고, 이에 대응할 전력이 없는 교토 지부는 큰 위기에 빠진다.