Het leven van Malcolm, een jongen van negen die van skateboarden houdt en graag met zijn beste vriend Stevie speelt, staat op zijn kop als hij naar de klas voor 'genieën' gestuurd wordt en plotseling omringd is door een groep getalenteerde buitenbeentjes. Sinds Malcolms favoriete en oudste broer naar een militaire academie gestuurd is, moet Malcolm ook het hoofd bieden aan zijn andere broers Dewey en Reese. De ouders van de jongens, Lois en Hal, hebben moeite om de boel bij elkaar te houden.