Wolverine descobre que Shingen Yashida, o líder da organização criminosa Kuzuryu e o pai de sua ex-namorada Mariko, está arranjando um casamento político para ela a fim de consolidar seu poder. Decidido a resgatá-la, Wolverine viaja ao Japão.

Logan é resgatado por uma misteriosa mulher chamada Yukio, mas quando visita o esconderijo do amigo Asano, encontra ele morto. A polícia persegue Yukio ao considerá-la a principal suspeita de um assassinato.

Enquanto Logan foge da polícia, o assassino mutante Kikyo Mikage o ataca. Em sua fuga, ele descobre uma operação secreta de contrabando de Kurohagi, e seu inimigo Omega Vermelho está envolvido.

Wolverine luta com Omega Vermelho e relembra como conheceu ao mutante russo e seu inimigo na Era da Guerra Fria.

Wolverine vence Omega Vermelho e se prepara para resgatar Shingen, enquanto a equipe de Asano descobre que Logan não é responsável por sua morte. Quando o mutante russo se recupera de sua derrota, ele coloca Logan entre a cruz e a espada.

Logan e Yukio viajam a Madripoor, a cidade do crime onde Mariko vai se casar, e quando são separados na luta, o mutante escapa por pouco com a ajuda de uma jovem garota chamada Min, que faz parte do exército da resistência.