Makoto Naegi dá a sorte grande e consegue entrar na prestigiada escola, o Colégio Topo da Esperança. Mas as coisas pioram quando Makoto descobre que ficará preso naquela escola pelo resto da vida, a menos que ele mate um colega de classe!

Quando a primeira pessoa é assassinada, Makoto se torna o suspeito número um! Ele deve provar sua inocência durante o Julgamento Escolar ou todos, exceto o assassino, serão executados. Será que ele encontrará provas suficientes para limpar seu nome e identificar o assassino?

O primeiro Julgamento Escolar já começou. Naegi tem que pensar rápido, ou todos os inocentes serão punidos! Kirigiri parece estar investigando algo, mas ela não dá respostas. Quando o Julgamento terminar, Monokuma levará mesmo adiante a sua "punição"?

Uma parte do segundo andar foi aberta, incluindo a piscina e os vestiários! Monokuma dá alguns dias para os alunos explorarem antes que ele fique entediado. Eles têm 24 horas para matar alguém ou então seus segredos mais sombrios e embaraçosos serão divulgados.

Togami parece convencido de que o culpado neste caso é um assassino em série depravado, mas será que ele está apenas tentando enganar seus colegas? A tensão aumenta conforme alguns dos segredos sombrios dos alunos são revelados, incluindo um segredo incrível sobre a vítima!

Asahina encontra ALTER EGO, uma I.A. criada por Fujisaki. Ishimaru e Yamada estão encantados pelo programa à sua maneira e nenhum dos meninos está afim de compartilhá-lo. Depois que o notebook desaparece, uma "figura suspeita" começa a atacar os alunos.