Kyle XY, de 16 anos, vive uma jornada surpreendente, quando surge misteriosamente da floresta sem nenhuma lembrança de quem é ou de onde veio. Em um centro de detenção juvenil, Kyle, como acabou sendo chamado, atraiu a atenção de uma psicóloga, que rapidamente percebe que o garoto precisa de atenção especial. Ela então o leva para casa, para ele viver temporariamente com sua família. Eles logo começam a entender que Kyle tem habilidades únicas e estranhas.