A equipe NCIS investiga o assassinato de um major da Marinha, que se acreditava ter sido morto no ataque ao Pentágono nos atentados de 11 de setembro de 2001, após descobrirem restos humanos em uma construção. Uma história pessoal com a vítima leva Gibbs a resolver o problema.

Após inserir o DNA de um caso encerrado no sistema, Kasie resolve um assassinato ocorrido há 30 anos, mas brechas no sistema legal podem deixar o suspeito em liberdade; McGee visita uma companhia tecnológica de elite no Vale do Silício que está lhe oferecendo um trabalho muito bem remunerado.

Depois que a equipe NCIS encontra uma conta bancária secreta do governo, que está financiando uma rede nacional de justiceiros, o time precisa descobrir quem está agindo como juiz e como jurado.

A equipe NCIS investiga o assassinato de um sargento da Marinha nos Estados Unidos que foi condecorado como herói de guerra em seus esforços trabalhando fora do país; Gibbs pede conselhos à doutora Grace Confalone depois de abandonar seu time de forma inesperada na cena do crime de uma investigação.

Um antigo agente do FBI, Tobias Fornell, quer que Gibbs faça tudo o que for necessário para acabar com um cartel de drogas na região, depois que sua filha, Emily Fornell, é hospitalizada por conta de uma overdose com opiáceos; Gibbs é assombrado pelos aspectos pessoais do caso e seu histórico com justiceiros.

Ziva surpreende Gibbs com um aviso enigmático, levando-o a questionar por que ela permaneceu durante tanto tempo desaparecida, enquanto sua família e amigos pensavam que ela estaria morta.

Com suas vidas correndo perigo, a complicada investigação de Gibbs e Ziva sofre uma reviravolta quando uma possível trama terrorista é revelada.

Depois que o corpo de um Tenente da Marinha é encontrado escondido sob um caminhão, o time NCIS rastreia as localizações anteriores do veículo para resolver o crime e prender o suspeito; Sloane encoraja a equipe a sentar e discutir sobre o recente retorno de Ziva.

O time NCIS liga uma bizarra cena de crime no cemitério nacional de Arlington a uma série de ataques a veteranos de guerra que se tornaram moradores de rua; Vance ordena que McGee, Bishop e Torres cumpram a tarefa de limpar um depósito de evidências por várias horas, por terem retido informações que deveriam ter sido compartilhadas.

A equipe NCIS investiga Laney Alimonte, integrante da marinha, quando evidências de que ela assassinou um vizinho surgem; Gibbs fica amigo de seus novos vizinhos depois de um incidente com um garoto de nove anos jogando beisebol.

Depois que o filho de um suboficial da Marinha é encontrado morto em sua festa de boas-vindas da prisão, evidências sugerem que o melhor amigo de Kasie, Dante Brown, pode ser o principal suspeito.