Lincoln Burrows es condenado a muerte por un asesinato que su hermano Michael cree que no cometió. Sin apenas alternativas ni tiempo, Michael hace que lo encarcelen junto a su hermano. Una vez dentro, Michael, un ingeniero estructural con los planos de la prisión en su poder, pone en marcha un complejo plan para sacar a Lincoln y demostrar su inocencia.

Mientras las tensiones raciales estallan dentro de la prisión y Veronica investiga a fondo el caso de Lincoln, Michael intenta conseguir un medicamento que le ayude a dar positivo en diabetes, así como un tornillo que supone una pieza clave de su plan.

Se acaba el tiempo, y Michael le pide a su compañero de celda, Sucre, que le ayude a poner en marcha su plan de huida. Sucre se niega y pide que lo cambien de celda, y el nuevo compañero de Michael, Haywire, es aún peor de lo que parece. Por otro lado, Veronica conoce a una mujer que podría ayudarla a detener la ejecución de Lincoln.

Kellerman y Hale visitan al alcaide Pope, cuyo pasado puede no ser tan modélico como parece. Michael se entera de que quizá salga de Fox River mucho antes de lo que esperaba… sin Lincoln. En el exterior, la investigación que llevan a cabo para demostrar la inocencia de Lincoln despierta dudas en Veronica.