Ayant perdu une majeure partie des ses moyens logistiques et de ses agents à la suite de son infiltration par Hydra, le S.H.I.E.L.D. a été dissous et est désormais considéré comme une organisation terroriste. Toutefois, l'agent Coulson s'est vu confier la lourde tâche - par l'ex-directeur Fury - de rebâtir le S.H.I.E.L.D.
Après que Lex soit accusé du meurtre d’une jeune fille, Clark décide de prouver son innocence et demande son aide à quelqu’un d’assez inattendu, à savoir Lionel. Jurant qu’il n’est plus le même homme, Lionel offre ses sources dans le milieu du crime mais demande quelque chose en retour. Pendant ce temps, Lana soupçonne la mère de Jason, Geneviève, d’avoir assisté à l’incident à Paris au cours duquel elle a été tatouée.
À leur retour, Coulson, Simmons, Fitz et Triplett retrouvent une base désertée. May, Ward et Skye ne sont plus là. May est partie chercher de l'aide et Ward a kidnappé Skye afin qu'elle décrypte le disque dur. Lorsque l'équipe découvre l'identité de Ward et ce qu'il a fait, elle se lance à sa poursuite afin de retrouver Skye, et comprend rapidement que cette dernière a un plan.
Le quotidien et les discussions existentielles d'animaux et insectes incompris peuplant New-York.
On célèbre les funérailles du père de Bette et Kit. Au cours de ce triste événement, Bette apprend qu'elle n'a plus d'emploi. Elle est convaincue qu'Helena a joué un rôle dans son congédiement.
