Natsume découvre que le Carnet d’amis, dont il a hérité de sa grand-mère, contient le nom des yôkai qu'elle a vaincus de son vivant. Avec l'aide de maître Griffou, un yôkai à l’apparence d’un chat, il décide de rendre le nom aux esprits cités dans le Carnet.

Un dieu dont l’existence est sur le point de disparaître demande à Natsume de lui rendre son nom. Après avoir discuté avec ce dernier, Natsume découvre l’histoire qui la lie avec une certaine humaine.

Natsume entend parler de Tanuma, un garçon qui a l’air de ressentir la présence des esprits. Intrigué, il essaie d’obtenir plus d’informations à son sujet.

Sasada, la déléguée de la classe de Natsume, suspecte ce dernier de pouvoir entrer en contact avec les yôkai. Elle lui demande alors de l'aider à trouver un esprit qui vit dans le vieux bâtiment de leur école.

Natsume trouve un vieux billet de train parmi les effets personnels de sa grand-mère. Il se rend alors à la gare qui est écrite sur le billet et y rencontre un bien étrange yôkai.

Natsume se retrouve malencontreusement possédé par un yôkai. Afin de le chasser de son corps, il n’a d’autre choix que d'aider ce dernier à retrouver un humain qui l’a aidé par le passé.