Situé dans une année indéterminée dans un futur lointain, 97 années après une guerre nucléaire qui a dévasté la surface de la Terre, les seuls humains sont des résidents de la flottille de stations spatiales en orbite connus comme « The Ark ». 100 mineurs condamnés de divers crimes sont envoyés à la surface. Parmi eux, la fille du médecin-chef de l'Arche et l'ingénieur en chef, Clarke Griffin, 17 ans. Les 100 découvrent une terre luxuriante remplie de nouvelles merveilles et de dangers. Un petit groupe de cinq, dont Clarke, fait un trek terrestre à travers la forêt, vers le site du Centre des Opérations d'Urgence Météorologique dans l'ancien état de la Virginie, pour de la possible nourriture et d'autres fournitures, tandis que les autres restent sur le site d'atterrissage, célébrant leur nouveau monde. Sur l'Arche, le leader et chancelier Jaha, a été blessé, propulsant le Conseiller Kane à la tête de la flotte. Le nouveau chef ne croit pas en la miséricorde dans un lieu où toute infraction à la loi est un crime capital.

Après avoir réussi à survivre à ses blessures, le chancelier apprend la supposée mort de son fils. Le conseil de l'Arche commence à lutter avec le fait que plus de 200 personnes devront être abattues pour que l'Arche puisse survivre encore six mois. Lors d'un vote du conseil, le vote est serré et le chancelier s'abstient. Cette action ne condamnera pas 200, mais 300 personnes à être abattues en dix jours, à moins qu'Abigail découvre un moyen de contacter la surface. Au milieu de cela, Raven, un mécanicien zéro-gravité, découvre que les 100 ont été envoyés sur la Terre (un secret de la populace de l'Arche), et est recruté par Abigail afin de fixer une capsule de largage pour transmettre au sol.

Dans des flashbacks, un an plus tôt sur l'Arche, le père de Clarke découvre le problème du système de survie et raconte tout à Abigail, Clark écoute secrètement. Clarke le dit à Wells, et son père est ensuite arrêté par le chancelier Jaha et sa flotte.

Lorsque Clarke enterre le fils du Chancelier, Octavia et son nouveau petit ami découvrent le couteau de Murphy à côté des doigts de Wells. Celui-ci est alors accusé du meurtre et les 100 tentent de le pendre. C'est alors que, contrainte par une culpabilité grandissante, Charlotte décide de passer aux aveux. Rongé par un désir de vengeance, Murphy pousse la jeune fille au suicide et est banni du camps par Clarke et Bellamy.

Raven a réussi à fuir a bord de la nacelle tandis que le docteur Abby Griffin se fait arrêter. Clarke et Finn sont dans les bois quand ils voient la navette entrer dans l’atmosphère.

Bellamy découvre que sa soeur Octavia a disparu, Clarke lui propose son aide. Octavia se réveille dans une grotte ou le terrien l’a emmené. Finn se sent mal à l’aise vis-à-vis de Clarke parce que Raven est en fait, sa petite amie.