La famille Stone rentre d’un séjour en Jamaïque. Suite à un surbooking, ils se retrouvent à bord de deux vols distincts. Le premier voyage se déroule sans encombre. Le second, le vol Montego Air 828, traverse une zone de fortes turbulences. A l'atterrissage, tous les passagers et l'équipage apprennent par la NSA que plus de cinq ans et demi se sont écoulés depuis leur décollage. Cinq ans et demi d’une vie passée sans eux, dans laquelle tout le monde les a crus morts. Michaela et son frère, Ben, apprennent que leur mère est morte. Jared, le fiancé de Michaela, a épousé sa meilleure amie. Saanvi, chercheuse médicale, découvre que son travail, inachevé lors de son départ, a en fait déjà permis de sauver des centaines d’enfants atteints de cancers. Cal, le fils de Ben, condamné par une leucémie et qui était également sur le vol 828, a maintenant de fortes chances de guérir grâce à ce nouveau traitement. Cal retrouve sa sœur jumelle, qui a désormais cinq ans de plus que lui. Michaela, qui est lieutenant de police, commence à entendre une voix. Certains passagers et membres de l'équipage, dont Michaela et Ben, sont irrésistiblement attirés vers la piste d'atterrissage où l'avion est stationné. Sous leurs yeux, il explose...

Les vingt passagers du vol 828 présents sur le tarmac lors de l’explosion de l’appareil sont confinés et interrogés un par un par la NSA. Ben se fait interpeller par un autre passager, Radd, qui a besoin de lui pour aider son fils, Adio, qui est en prison. Grace a du mal à se montrer dénudée devant Ben. Ce dernier entend de la musique que les autres n’entendent pas. Michaela va voir son capitaine pour reprendre le travail. Celui-ci l’informe qu’elle devra passer une série de tests, dont une évaluation psychologique. Alors qu’il marche dans les rues de New York, Ben entend de nouveau de la musique et rencontre Radd, qui joue du violon. Ce dernier lui redemande d’aider son fils, en prison pour un cambriolage qu’il n’a certainement pas commis. Radd sait que la sœur de Ben fait partie de la police et il pense qu’elle pourra les aider à obtenir une visite. C’est le cas. Ben et Radd rendent visite à Adio, qui leur assure être innocent. Ils se rendent ensuite à la bijouterie où était employé Adio et où a eu lieu le vol, mais tout semble accuser le jeune homme. Grace emmène Caleb faire les magasins pour remplacer les sets de construction qu’il avait avant sa disparition. Mais alors qu’ils marchent dans la rue, l’enfant se fait arrêter par une dame qui lui récite une prière, ce qui effraie Grace. Ben découvre une cicatrice dans le dos de sa femme en allant se coucher. Celle-ci lui répond qu’elle l’a eue en faisant de la plongée, à la surprise de Ben qui a toujours rêvé d’en faire. Michaela surprend Grace au téléphone avec son amant. Elle lui conseille de tout dire à Ben avant qu’il ne découvre la vérité.

Michaela et Ben enquêtent sur un meurtre choquant et redoutent qu'il soit lié au vol 828.

Saanvi fait appel à Ben pour l'aider à découvrir un secret au sujet de l'avion. Michaela commence à se poser des questions sur la nature des appels qu'elle reçoit lorsque l'un deux a de terribles conséquences.

Des secrets sont dévoilés suite à la disparition du vol 828. Cal entraîne Ben dans une mystérieuse aventure.

Caleb est soudain pris d’une forte fièvre et doit être hospitalisé d’urgence. Saanvi et Ben réalisent qu’ils parlent bulgare dans son délire. Ils font le rapprochement avec Marko Valeriev, un passager bulgare qui est introuvable depuis qu’ils ont tous quitté le hangar. Michaela et Ben mènent leur enquête. Ils découvrent que cinq bus ont quitté le hangar avec des passagers. Un de ces véhicules a disparu avec à son bord onze passagers, tous étrangers ou sans proches sur le sol américain. Leurs recherches les dirigent vers Unified Dynamic Systems, une multinationale ainsi que vers une ferme hautement sécurisée. Michaela et Jared en sont chassés avant d’avoir pu voir quoi que ce soit. Michaela finit par raconter à Jared ce qui lui arrive depuis son retour. Persuadé que la NSA est derrière tout ça, Ben menace Vance de tout révéler à la presse. Mais ce dernier déclare ne pas savoir de quoi il s’agit. Une fois Ben parti, Vance, intrigué, décide d’aller voir cette ferme. Elle est vide. Mais il y trouve un pansement ensanglanté, trace d’expériences récentes.