Sa famille ayant été assassinée par un groupe d'hommes masqués, Joe Higan est approché par des agents du FBI, Mike et Emma, qui enquêtent sur le meurtre de sa femme et son fils. Joe décide de les aider.

Higan apprend que plusieurs victimes de meurtres étaient toutes d'anciens ninjas, qui ont été démasqués. Il décide alors de retrouver le chef des ninjas et jure de venger la mort de sa femme et de son fils en détruisant l'organisation.

Yamaji demande à ses lieutenants de découvrir comment Higan a survécu. Pendant ce temps, Mike et Emma collaborent avec Higan pour enquêter sur AUZA.

Un mystérieux bienfaiteur prévient Higan qu'il lui est impossible d'infiltrer AUZA City sans aide. Mike et Emma n'ont que de légères blessures après leur accident et reprennent leur enquête sur AUZA et les ninjas.

Grâce aux informations d'Emma, Mike débusque Jason, un ex-employé d'AUZA. Pendant ce temps, Higan tente d'entrer dans AUZA City. Il suit les indications d'un mystérieux allié tout en essayant d'échapper à Zai.

Aska sauve Higan d'une mort certaine et sa véritable identité est révélée. Pendant ce temps, Mike apprend qu'il est recherché par sa propre agence, le FBI.