Un groupe hétéroclite d'agents en formation vient d'arriver à l'académie du F.B.I. de Quantico. Ce sont des éléments d'élite, brillantissimes et triés sur le volet, il paraît donc impensable que l'un d'eux puisse être soupçonné d'avoir organisé le plus gros attentat depuis le 11-Septembre.

Alex est en fuite et doit se montrer plus maligne que Liam et son équipe afin de retourner à son appartement et d'y dénicher tout ce qui pourrait la blanchir. Pendant ce temps, lors d'un flash-back à Quantico, les agents en formation doivent chercher une aiguille dans une botte de foin autrement dit enquêter sur d'éventuelles menaces contre la sécurité intérieure.

Au centre de formation, Alex apprend que son père était un agent secret. Les élèves doivent dresser leurs profils psychologiques et soumettre les noms de trois candidats qui seront éliminés du programme. Tous refusent, sauf Simon Asher. Plus de neuf mois plus tard, alors qu'elle est traquée par le FBI et que sa mère l'appelle à se rendre, c'est auprès de Simon qu'Alex va trouver de l'aide.

O'Connor charge Booth de décourager Alex à poursuivre sa formation à Quantico. Pourtant très performante dans les exercices, celle-ci est déstabilisée après avoir appris que son père était un excellent agent au FBI. À New York pendant la traque, Simon et Parrish découvrent que du matériel utilisé pour l'attentat provient d'une société appartenant à Shelby Wyatt et sous-traitant pour l'armée.

Les recrues quittent le centre pour la première fois à l'occasion de leur première mission d'infiltration. Lors de cette soirée riche en rebondissements, Alex et Ryan se rapprochent, alors que les capacités des agents en formation sont testées. Dans le futur, Alex décide de donner sa version de l'histoire et donne sa première interview publique. La population ne sait plus qui croire.

Les NAT apprennent la surveillance de façon pratique avec Miranda et Charlie, son fils perturbé. Shelby essaie de garder ses distances avec Caleb, mais Raina facilite un rapprochement avec Simon. Dans l'avenir, Alex se fait aider lorsqu'elle essaie de pirater un ordinateur du FBI.