Walter O’Brien possède un QI de 197. Il est à la tête de Scorpion, une équipe de surdoués qui s’occupe de régler toutes sortes de problèmes extrêmement complexes. Le Département de la Sécurité intérieure fait appel à eux lors d’un incident survenu avec le logiciel de la tour de contrôle de l’aéroport de Los Angeles. Après une mise à jour logicielle défectueuse, la tour de contrôle a perdu tout contact avec les avions censés atterrir dans la région. L’équipe de Walter met alors tout en œuvre pour remettre le logiciel en état de marche avant que les cinquante-six avions qui survolent Los Angeles sans contact radio n’épuisent leurs réserves de carburant.

L’Agent Gallo fait appel à l’équipe de Walter. La fille du Gouverneur de Californie a été infectée par un virus inconnu juste après avoir reçu un virus informatique par email qui indique que quelqu’un l’a rendue malade intentionnellement. Walter se rend compte que le virus qui touche la fillette a été fait sur mesure pour l’infecter elle et personne d’autre. L’équipe essaie alors de remonter la piste du virus informatique qui les mènera à la personne qui tente de tuer la fille du gouverneur. Cette piste les amène à s’intéresser à une étude clinique réalisée par un laboratoire pharmaceutique quelques années plus tôt. Cette affaire, où la vie d’une petite fille est en danger, touche particulièrement Walter dont la sœur est atteinte d’une sclérose en plaques.

Walter et son équipe participent à un entrainement militaire pour évaluer leurs compétences en conditions extrêmes. Cet exercice est un échec et le directeur de la Sécurité intérieure refuse de donner de nouvelles missions à Scorpion. Le même jour, une bombe explose dans un immeuble de bureau de Los Angeles. Ce qui semble d’abord être une vengeance personnelle très ciblée se révèle bien plus compliqué que cela. Quelqu’un détruit méthodiquement des éléments importants du réseau internet, ce qui plonge rapidement la ville dans le chaos. L’équipe de Walter, qui n’a pas l’autorisation de travailler sur cette affaire, mène l’enquête de son côté pour tenter de découvrir l’identité du poseur de bombes ainsi que ses motivations.

Las des opérations secrètes qui ne leur rapportent aucune publicité, Walter annonce à Cabe que l'équipe a décroché une mission pour un client privé. Il s'agit d'un casino de Las Vegas qui aimerait comprendre pourquoi ses pertes s'accumulent inexplicablement. La pression est importante et chacun va devoir prendre sur lui pour que l'opération se déroule au mieux. La mission est d'ailleurs vite couronnée de succès, mais c'est alors qu'un vol a lieu au casino. Tout semble vouloir accuser Walter...

Un homme est arrêté sur le périmètre sécurisé d'une centrale nucléaire. Sa seule revendication : parler à Walter O'Brien. Cet homme s'appelle Mark Collins et a autrefois fait partie de Scorpion.

Un musée engage Walter et son équipe pour améliorer son système de sécurité lors de l’exposition d’un tableau d’une valeur de 100 millions de dollars. Le tableau exposé se révèle être un faux, et l’équipe se met alors à la recherche du faussaire. Une étude plus approfondie de cette copie montre qu’elle n’a pas été réalisée à la main, mais à l’aide d’une machine. Scorpion mène l’enquête, mais les erreurs et les maladresses s’accumulent et aboutissent à l’explosion d’une voiture contenant le tableau original. Merrick, le directeur du Département de la Sécurité Intérieure leur ordonne alors tous de passer une évaluation psychologique pour prouver qu’ils ne sont pas instables mentalement.