Donatello entraîne April pour augmenter ses pouvoirs psychiques.

Tokka, que tout le monde pensait morte, fait son retour. Elle revient chercher son bébé volé et est prête à tout pour le retrouver.

Un renard mutant nommé Alopex décide de tuer son frère Tiger Claw.

Super Shredder revient pour tuer Splinter, obligeant les tortues à former une équipe pour l'arrêter.

Après la mort de Splinter, les Tortues se dirigent vers le nouveau repaire de Super Shredder pour s'en débarrasser une bonne fois pour toutes.

Les Tortues enquêtent sur une mystérieuse secte qui se réunit dans les égoûts. Tiger Claw, de son côté, a décidé de ressusciter Super Shredder.

Kavaxas ramène Rahzar à la vie sur ordre de Tiger Claw qui lui demande de reproduire ce miracle avec Shredder. Cependant, il lui manque un élément essentiel : le Kuro Kabuto.

Kavaxas a besoin du coeur de Shredder afin de pouvoir le ressusciter. C'est Don Vizioso qui s'en est emparé et qui le conserve dans une fiole. Les Tortues et Tiger Claw vont tout faire pour le lui reprendre.

Les Tortues doivent vaincre Kavaxas et l'empêcher de détruire le monde.

Un vaisseau se dirige vers la Terre. Le lieutenant Iguissg'ba et le commandant Gazéwroka ont reçu l'ordre de prendre en chasse un mercenaire en cavale, K'Vathrak, qui n'est autre que le Tritonateur.

Mikey a pris une décharge électrique fatale. Dregg débarque sur la planète avec son vaisseau, les Tortues tentent par tous les moyens de sauver le monde.