Exceptionnelle, la trame de cette saison mêle une menace extraterrestre visant tous les enfants de la Terre et une panique mondiale face à ces événements. Résultat : des épisodes haletants, enchaînant les coups de théâtre et les révélations. Exceptionnels aussi, les traumatismes que vont subir les membres de l'organisation secrète. Encore choquée par les décès d'Owen et Toshiko à la fin de la saison 2, l'équipe n'est pas au bout de ses peines.