Yuya Sakaki est un jeune garçon qui va à l'école de duel `You Show'. Son père, Yusho, un grand duelliste de divertissement, a disparu sans laisser de trace alors qu'il devait défendre son titre de champion du monde trois ans plus tôt lors d'un duel contre `La Masse'.

Yuya bat finalement `La Masse'. Après cette victoire, une foule d'adolescents se pressent devant l'école `You Show' pour s'inscrire. L'école ayant reçu la dernière version du système ARC, Yuya et Zuzu commencent à faire la démo d'un duel. Ses fans attendent avec impatience l'Invocation `Pendule' quand finalement c'est la défaite du jeune champion après le signal d'erreur de son deck. Ses admirateurs le prennent en grippe et l'accusent d'avoir triché avant de partir.

Yuya est heureux, il vient de réussir l'invocation `Pendule' une nouvelle fois. Il fait la connaissance de Sylvio, un élève de l'Institut Léo très flatteur. Celui-ci lui propose d'y faire une démonstration. Yuya et ses amis sont séduits et tombent sous le charme de ce superbe institut. Arrivé sur le terrain de duel, Yuya est loin de se douter de ce qui l'attend. Son nouvel ami change soudain de comportement.

Alors que le duel s'annonce mal parti pour Yuya sans ses cartes `Pendule' que Sylvio lui a dérobées, il parvient à renverser la situation.

Sora insiste pour devenir l'apprenti de Yuya. Yuya refuse mais finit par accepter de se battre en duel avec le jeune garçon, qui se révèle bien plus adroit qu'il n'en a l'air.

Le duel entre Yuya et Sora s'intensifie, au point que Sora prend l'avantage grâce à une invocation fusion totalement inédite. Cependant, en se remémorant les paroles de son père, Yuya parvient à renverser la situation.