Tomoro Tenma vit dans un monde où les pensées et les émotions humaines (appelées “e-Pulse“) alimentent des appareils IA, les Sapotama. Mais lorsque des Digimon commencent à se matérialiser à partir des Sapotama et à se nourrir d'e-Pulse, le monde est en danger. Après l'apparition de Gekkomon depuis son appareil, Tomoro rejoint Glowing Dawn, une équipe enquêtant sur les Digimon rebelles.