Masaru Damon, un combattant de rue de quatorze ans, rencontre une étrange créature ressemblant à s’y méprendre à un dinosaure. En réalité, il s’agit d’Agumon, un Digimon issu du Digimonde, poursuivi par une organisation secrète du gouvernement, la DATS (Digital Accident Tactics Squad), qui enquête sur les phénomènes numériques. Heureusement, Agumon va pouvoir compter sur l’aide de Masaru.

Afin d’échapper à la surveillance de la DATS, Masaru décide de cacher Agumon chez lui. Mais l’organisation, soupçonnant la manœuvre, envoie alors un de ses membres, Yoshino, pour mener l’enquête. Entre-temps, un Kunemon apparaît à l’école de Chika, la petite sœur de Masaru, et prend en otage un des élèves. Yoshino doit donc s’appuyer sur Masaru afin de le combattre…

Thoma H. Norstein, un génie de quatorze ans appartenant à la DATS et venant tout droit d’Autriche, ne peut cacher son mépris envers Masaru. Un combat finit par éclater entre les deux antagonistes. En parallèle, plusieurs DemiMeramon apparaissent dans la ville et les membres du DATS doivent les combattre. Cependant, leurs ennemis fusionnent pour former Meramon.

Masaru et Thoma doivent tous deux faire équipe, mais en raison de leurs différends, les deux jeunes garçons ne parviennent pas à travailler en tandem. Mais voilà qu’un Drimogemon apparaît et aide deux cambrioleurs à dérober de l’argent. Nos deux jeunes héros tentent de le capturer, mais profitant de leur querelle, le Digimon s’échappe vers le Digimonde.

Agumon et Masaru sont en froid depuis que ce dernier lui a fait un commentaire que le jeune Digimon a trouvé déplacé. Il se réfugie dès lors dans son Digivice. Pendant ce temps, un Elecmon fait des ravages dans la ville, et Masaru essaie de le vaincre seul, mais Elecmon se digivolve en un BlackGarurumon. Nos deux amis vont devoir se réconcilier afin de vaincre cette nouvelle menace.