Cristina costringe Owen a rivelarle i particolari della sua scappatella. Mark prende sul serio la questione dell'autorità quando deve sostituire il primario per un giorno. Arizona, Callie e la Bailey organizzano una serata speciale per Teddy.
La squadra indaga sulle vere motivazioni celate dietro quello che sembra essere un suicidio di massa in un'accademia militare. Hotch e Morgan si scontrano quando un membro del gruppo potrebbe essere in pericolo.
Ducky è lontano dal lavoro per un periodo di riposo ma riceve l'ordine di occuparsi di un caso chiuso dodici anni prima. Intanto, il team indaga sulla morte di un marine. Durante le indagini si scopre che i due casi potrebbero essere collegati…
L'ultimo caso di Alicia e Will li porta ad indagare nell'ufficio del Coroner, ma i due devono seguire delle regole estremamente rigide per poter interrogare dei testimoni…
Mentre esplora il relitto di una nave su un pianeta desolato, Trip trova l'equipaggio ancora vivo contro ogni possibile previsione, ma qualcosa non torna.