メイン州の小さな港町。9歳の少年ホーガースは、森の中でとっても人なつっこい鋼鉄の巨人“アイアン・ジャイアント”を発見する。自分が何者かも知らないアイアンは巨大な体を持て余した赤ん坊そのもの。たちまちホーガースはアイアンと友達になり、ママに内緒で家の車庫にかくまうが、巨大ロボットを目撃したという噂が広まり、ついには政府のエージェントが派遣されてくる。ホーガースは変わり者のディーンと協力して、アイアンを守ろうとうするが、彼はただのロボットではなく、恐ろしい破壊力を秘めた戦闘兵器だったのだ－！