“アベンジャーズ”の戦いから2年――。ヒーローたちを集結させた国際平和維持組織“S.H.I.E.L.D.（シールド）”は、未知なる脅威から世界を守るため、新たなる防衛システムの開発を進めていた。キャプテン・アメリカことスティーブ・ロジャースも、アベンジャーズのメンバーとして共に戦ったブラック・ウィドウらと一緒に、ワシントンD.C.でシールドの一員として活動していた。キャプテン・アメリカは、ワシントンD.C.にあるシールド基地で、シールド長官ニック・フューリーから、ある計画について聞かされる。その計画とは、平和維持のために巨大空中母艦ヘリキャリアで世界を監視しようとするプランであり、それは、全人類を彼らの監視下に置き、実質的に世界を支配することを意味していた。キャプテン・アメリカは、そんなシールドのやり方に疑問を持ち始める。突如、ニック・フューリーは、何者かに命を狙われた。その魔手はキャプテン・アメリカやブラック・ウィドウにも及び、彼らの仲間であるはずのシールドまでもが彼らを抹殺しようと動き出したのだ。巨大な包囲網を逃れ、命からがら逃亡者となったキャプテン・アメリカとブラック・ウィドウ。そんな孤立無援の彼らに唯一手を差し伸べたのは、自由自在に空中を舞うことができる“ファルコン”こと元空軍のエリート部隊に所属していたサムだった。しかし、誰から狙われているのか原因を探っていく中、正体不明で最強の暗殺者と言われる“ウィンター・ソルジャー”が現れ、彼らを追い詰めていく。自分たち以外は誰も信用できない孤立無援の戦いの中で、壊滅の危機を迎えるアベンジャーズ。さらに、シールドの空飛ぶ巨大母艦“ヘリキャリア”を使って全世界2000万人を同時に殺害しようとする、前代未聞の計画が発覚する。はたして、シールド内部に何が起こったのか?その行く手には、さらなる恐るべき陰謀が待ち受けていた・・・。真の敵は誰なのか？正義をかけた究極の戦いが幕を開ける。