料理が大好きなネズミのレミーの夢は一流レストランのシェフ。住処を追われ家族とはぐれてしまったレミーはパリの一軒のレストランにたどり着く。そこはレミーが尊敬する料理人、グストーのレストラン！見習いのリングイニがスープを台無しにするのを見て思わずスープを作り直すレミー。それを目撃したリングイニはとんでもないアイデアを思いつく。「二人でパリ一番のシェフを目指すんだ！」この出会いはやがてフランス料理界をも揺るがす“大事件”を巻き起こす！