何千年もの昔、人間に裏切られたアルセウス。人間に復讐するため、激しい怒りとともに目覚めたアルセウスは、サトシたちが訪れた町・ミチーナを攻撃する。そこへ遺跡の守り人シーナが現れ、不思議な力でディアルガを呼び、助けを請う。ディアルガとパルキア、ギラティナまでもが現れ、かつてない神々の戦いがはじまった！