囚人達が大騒ぎする中、ポープ所長はマイケルの房に向かいトイレ裏の穴を発見する。マイケル、リンカーンと受刑者たちは自由のため逃走し、看守や地元警察が脱獄犯の追跡をする。一方ベロニカは、真相を暴くカギを見つけにモンタナへと向かう。
リンカーンは死刑執行まで懲罰房に監禁されることになってしまう。マイケルは兄を見捨てて脱走できないというが、計画を中止にはできない雰囲気が漂う。刻一刻とリンカーンの死刑の時刻が迫る中、マイケルは最後の手段を使って兄を救い出す決意をする。
3年前、設計事務所に勤務していたマイケルは順風満帆な人生を送っていたが、問題を起こしては助けを求めてくる兄がいた。回想の中でリンカーン、スクレ、ティーバッグ、シーノートと医師サラが刑務所に至った経緯と、マイケルが兄の脱獄を計画した動機が明らかになる。
マイケルはホープ所長を脅し、リンカーンを懲罰房から診療室に移すよう連絡させクローゼットに押し込む。秘書には、所長は重要な電話をしているようなので、邪魔されたくないみたいだと話し立ち去る。そしてマイケルは、受刑者を率いて脱獄計画を遂行する!!
マイケルがヘイワイヤーの記憶から失われた刑務所の地図の一部を取り戻す事に挑む。しかし、ヘイワイヤーが思い出したのは、マイケルがヘイワイヤーの歯磨き粉を盗んだ事だけだった。一方、看守達は マイケルの監房を競売に掛けることに。
