今までアクセスすることができなかった捜査ファイルを手に、今なお未解決のゾディアック事件の真犯人を捜し出す。殺人鬼の名前が隠されているかもしれない複雑な暗号の解読に挑戦し、ある未解決事件とゾディアック事件の犯人とのつながりを明らかにする。暗号訓練の経験をもつ最有力容疑者が浮上する。

捜査を進めていくうちに、ゾディアック事件の犯人がアメリカ軍に従軍していた可能性を示す手がかりが見つかった。捜査チームのスーパーコンピューターが殺人鬼の残した暗号に妙な記号を見つけたのだ。それは暗号が記された当時はごく一部にしか知られていなかったものだった。調査チームはさらに犯人特定につながる可能性のある、新たな証拠を見つける。

ゾディアック事件の犯人に関連がある、謎の暗号を新たに発見する。一方、捜査チームのスーパーコンピューターは月の満ち欠けが殺人とリンクしていることを突き止める。犯人が残した、あざけるような謎は遺体発見につながるのか? 2人目の最有力容疑者が浮上する。

謎に包まれたゾディアック事件のFBI機密文書が公開され、捜査活動は最高潮に達する。犯人の手紙と、約4,800km離れたニューヨーク州オールバニーで発見された犯行を予告する手紙を筆跡鑑定人が鑑定。筆跡は同じだという。暗号解読チームはZ340に関連して大きな進展を遂げる。

暗号解読チームからすばらしい知らせが舞い込んでくる。名だたる暗号解読者らが50年にわたり解読することができなかった、ゾディアックの暗号Z340を解読したというのだ。サルとケンはゾディアック事件の殺人の中心となった地である、サンフランシスコで捜査を進める。