京都府警捜査一課刑事･時矢暦彦 (沢村一樹) は“京都府警に時矢あり”といわれるほど優秀な刑事。だが、容疑者･能見冬馬 (高橋光臣) を追跡中、廃工場の貯水プールに転落。病室で目を覚ましたとき、なんと刑事拝命以来の20年間の記憶を失っていることに気づく…! 時矢は見舞いにやって来た元相棒･福知市郎 (寺島進) のことを暴力団関係者と誤解するばかりか、新たにコンビを組むよう命じられた新人女性刑事･佐相智佳 (瀧本美織) から、深夜に女性府議会議員･椎名蒼が刺殺されたことを聞いてビビりまくり。その遺留品を見せられても、まるでピンとこない。

京都府警捜査一課刑事･時矢暦彦 (沢村一樹) はコンビを組む刑事、佐相智佳 (瀧本美織) を連れて、京都の山奥にひっそりとたたずむ“八咫神村”に足を踏み入れた。八咫神村は、“神様が棲む”といわれる村…。そこで転落死亡事故が起きたと聞き、興味を抱いたのだ。やる気満々な時矢刑事に対し智佳は、「記憶を失う前の時矢刑事なら考えられない」ことと呆れるが…。崖の上から転落死したのは村役場の職員･浅木浩太郎 (大高洋夫) で、第一発見者は村の住人･小野千秋 (大後寿々花) と羽山敬太 (尾上寛之)。所轄署は、足を滑らせて落下したものと断定。事件性はないと判断するが、村長の森幸介 (佐戸井けん太) は「八咫神様の天罰が下った!」と叫び、村は騒然となる。

進学校として有名な私立中学の校長･須藤公彦 (阪田マサノブ) の刺殺体が、雑居ビルの屋上で発見された。事件直後、犯人と思われる女 (森口瑤子) が屋上から飛び降り自殺を図ったが、段ボールがクッションとなったため奇跡的に軽傷だった。遺体に突き刺さったままのナイフにはその女の指紋が付着しており、傷痕の状態から被害者に強い恨みを抱いていたことがうかがわれた。ところが、取り調べを受ける彼女の様子を見た時矢暦彦 (沢村一樹) は、衝撃を受ける―。