その日、マクロス周辺の町は、最大のにぎわいを見せていた。マクロス進宙式に招かれた一条輝は、そのために事件に巻き込まれた。地球に接近した謎の艦隊を察知したマクロスの戦闘中枢は、人間のことロールを無視して、宇宙空間に向けて発砲した。マクロスは、単に落下したのではなく、宇宙規模の戦闘を続ける何者かが、敵に対して仕掛けた罠であった。発砲された敵――ゼントラーディ軍と名のる艦隊から、戦闘ポッドの群れが地球に降下した。人類は好むと好まざるとにかかわらず、ゼントラーディ軍の敵として、戦闘状態へと入ってしまったのだ。そして、それは、進宙式を見学に来た一条輝の身の上にも、戦いの炎となってふりかかった。

ひょんなことからバルキリーに乗った輝は、敵のビームを受けて町に落下していった。かろうじて、バルキリーをガウォークタイプに変形させ、墜落だけはまぬがれたものの、今度はバルキリーは、バトロイドタイプに変形。飛行機ならば、アクロバット・パイロットの輝のこと、簡単に操縦できるはずだが、ロボットなんかはとても無理。ウロウロしているうちに、とうとう民家に激突してしまった。そこで知り合ったリン・ミンメイが、輝の人生に大きな存在になるとは、いまの輝にはわかるわけもない。やがて、フォッカー少佐のバルキリーが、町に着陸する。

敵――それは巨人であった。人間とそっくりな形態をした――しかし、あまりにも大きな人類であった。輝の心に、わけもなく恐怖の念が湧き上がってきた。その姿は、それまでの輝の概念のすべてをふきとばしてしまった。フォッカーの助けがなければ、輝は、マクロスまで戻れなかっただろう。マクロスは、すでに大気圏を離脱していた。ミンメイと輝はその巨大な船の中に入っていく。この船の巨大さも、あの巨人のことを考えれば、わかろうというものだ。輝は、この船から出ていこうとした。ミンメイにしても、輝にしても、軍に属する船の中にいる気はなかった。

輝は、ミンメイとふたり、ようやくマクロスの中へと帰った。しかし、それは助かったことにはならなかった。マクロスは、全長1200メートル――あまりにも広かった。輝たちが飛び込んだ場所から、人々のいる場所へいくには、パイプや壁に囲まれた鋼鉄の迷路を突破しなければならなかった。1日、2日――そして、時間はすぎ、輝のレーサーに積んだ食料も底をつきはじめた。フォール度降下にまきこまれ、宇宙空間で凍りついたマグロを取りに出たものの、手に入れたのは頭だけ。外部から、エアロックへとたどりつこうとした計画も、マグロのために頼みのフライトスーツが切り裂かれ、断念せざるをえなかった。

フォールド降下で、マクロスとともに宇宙に出現した島には、ゼントラーディ軍の攻撃を避けてシェルターにこもった町の人人もいた。彼らは、たくましくも、マクロスの艦内に町を作る。ミンメイも叔父、叔母の中華料理店の再開を手伝った。輝は、ミンメイを助けた縁から、しばらくは、中華料理店に居候することになった。 マクロスは、フォールドシステムを失い、通常航行しかできないまま、冥王星軌道から地球へと進んでいた。そのマクロスに、ゼントラーディ軍は、なおも攻撃をしかける。艦内の平和な町のたたずまいとは別に、凍てつく宇宙空間には、戦いの緊張が続き、艦橋スタッフも、レーダーに目をこらしていた。

輝は、軍隊に入った。ミンメイを守る――いや、そこまで、はっきりした考えはなかった。しかし、確かに、自分の周囲には、戦いが存在しているのだ。そして、1か月がたった。輝は、始めての休暇をもらい、久しぶりにミンメイと買物に出かけた。町であった未沙たちには、出会った場所がランジェリーショップだっただけに、誤解も生まれたが、それはそれなりの休日の実感……!? しかし、休日の楽しさも、フォッカーからの伝言で緊張に変わった。後日のゼントラーディ軍への奇襲に、輝も実戦参加するのだという。出撃前夜、輝は、ミンメイと記念撮影をした。もしかしたら再び生きて帰れないかもしれない明日のために……。