親友のクエンティンとジュリア。2人はそれぞれ謎めいた勧誘を受け、魔法教育の秘密機関、ブレイクビルズ大学への入学試験を受けることになる。

クエンティンは、ある日ブレイクビルズ大学で起きたこの世の物とは思えぬほどの攻撃への関与のために除籍されそうになって取り乱す。一方、ジュリアはアングラ魔術に傾倒するようになり、自身の能力を証明しようとヘッジ・ウィッチの試験を受ける。

ある日の朝、クエンティンは精神科病院で目を覚まして当惑してしまう。だが何とかしてこの事態を打開するため、もっとも信頼していない人物に助けを求めることになる。

生徒同士の決闘防止に考案されたウェルターズ・トーナメントに向けて、生徒たちは全員、訓練に励んでいるはずだった。だが実際には各自が個人的な問題を抱えて集中できずにいた。

新入生たちは型破りで情緒的な一連のテスト“トライアル”を受け、試練の数々を経験する。このテストに合格した者たちは生涯忘れられない旅を経験することになる。だがもしテストに落ちれば、ブレイクビルズでの生活は終わるのだ。