新ミレニアム（千年期）を迎え、希望と不安の入り交じる都会。そこに「普通」に生活する女性システム・エンジニア（中山美穂）の人生に、突然、重い使命を背負った某国工作員（金城武）の人生が重なった。まるで2000年1月1日に発生した「人生のバグ」。 クリスマスの夜、システム・エンジニアの理得（中山美穂）は、仕事だけの満たされない人生に違和感を覚えていた。 同じ頃、某国工作員の若い兄弟が成田に到着した。入管で不審者として追われ、怪我をした弟は、兄（金城武）に殺された。兄は涙しながら弟の遺髪を持ち、闇に消えた。 大晦日の夜、理得に外務省から、呼び出しが掛かった。行くと「野上」というIDカードを着けた男が仕事をしていた。それは逃げ出した件の男だった。パスワードが分からない「野上」は、理得に危険な興味を持った。二人は2000年を迎えた瞬間、コンピューター・バグでエレベーターに閉じ込められた。「野上」はなぜか人を呼ばず、非常脱出口を叩き破り理得を助け逃げ出した。その時、理得は「遺髪」を拾った。 そんなころ、あるホテルに軟禁されている某国の化学者・ビクトル（ジョニー吉長）は、彼を保護している刑事・佐伯（宮沢和史）から逃走男の似顔絵を見せられ、「私を殺しに来た」と言う。 1月に入り、理得の母の法事が行われたが、やくざ風の男・成次（東幹久）と同棲する妹まりあ（仲間由紀恵）が香典を持ち逃げする。人が信じられなくなる理得。 理得はある日、路上で暴漢に襲われる。それを「野上」が助けてくれた。暴漢が「野上」の仲間であることも知らず、「遺髪」を返し、気を許す理得。「野上」はまんまと理得のIDカードとパスワードを盗み出し、外務省に再侵入。ビクトルのホテルを突き止める。しかしその頃理得は、「野上」の純粋な感覚に魅かれているのだった───

父親の化学者ビクトル（ジョニー吉長）殺害の使命を帯びた某国工作員（金城武）は、理得（中山美穂）を騙して手に入れた外務省情報から、ビクトルが身を隠しているホテルを突き止めた。仲間のナオミ（Fayray）はホテルに侵入し、護衛の刑事たちをかわしながら、ビクトルが、オペラ「トリスタンとイゾルデ」を観劇に行く情報を得る。工作員は外務省職員「野上」に成りすまし、再び理得に接触、カムフラージュの相手として観劇に誘う。別れた父親が冷酷になったり、妹のまりあ（仲間由紀恵）がちんぴら（東幹久）と別れられなかったりと家族関係がひびだらけの理得は、陰がありながらも何か不思議な魅力を醸し出す「野上」にひかれていく。 オペラの当日。会場のロビーで、ビクトルは某国某人に密かにフロッピーディスクを渡す。しかし、佐伯刑事（宮沢和史）も「野上」もそれを見逃さなかった。「野上」は銃を手にビクトルに近づく。銃口を上げようとした時、理得が立ちふさがった───

アメリカ亡命を控えた化学者で父親のビクトル（ジョニー吉長）暗殺に失敗した工作員（金城武）は、再び、外務省職員「野上」になりすまし、システムエンジニアの理得（中山美穂）を利用して、ビクトルとの接触を試みた。理得を使って警察を陽動し、「野上」は、ビクトルをホテル屋上に誘い出す。「俺は弟を殺した。なぜ家族が追い詰められるのに国を裏切った」と詰問する男。しかしビクトルは動ぜず、「自分の国のためにこの国の人間を殺すわけにはいかない。亡命の日に私を殺しなさい」と諭す。 ビクトルを追って佐伯刑事（宮沢和史）が屋上に達した時には、すでに男は去った後だった。しかし、佐伯は、ホテルのモニターに映った理得を見逃さず、理得捜しを始めた。 心配した理得は「野上」を待ち受けていたが、「野上」は「人間一人の小さな辛い気持ちなんて意味ない」と黙殺する。 傷心の理得が家へ帰ると、妹のまりあ（仲間由紀恵）と恋人のちんぴら成次（東幹久）が待っていた。成次が法事で奪った金を返すと言うが、なんとその金はまりあがアダルトビデオで稼いだ金だった。理得はさらに傷ついてしまう。 翌朝、理得の通勤途中で「野上」が待ち伏せしていた。「野上」は前日の非礼を詫び、寒そうな理得に手袋を渡した。理得が会社に入ると、外務省から呼び出しが掛かっていた。そこで理得の前に現れたのは本物の「野上」だった───

理得（中山美穂）は、外務省職員「野上」（金城武）が偽物だと知った。また、警察は、化学者ビクトル（ジョニー吉長）を狙う工作員（金城）の関係者として理得のマークを始めた。刑事の佐伯（宮沢和史）は、理得に接触し、「野上」が、某国の工作員であり、外務省情報を得るため理得に近づいていたことを教える。しかし、理得は「野上」の優しさをつい思い出してしまう。 一方、その工作員も、父親であるビクトル殺害を前にして「僕を忘れてくれ」と理得に電話を架ける。 ビクトルは、息子の工作員に教えた通り、亡命のため空港へ向かう途中、留学した大学の研究室に立ち寄った。そこには工作員が銃を持ち待ち受けていた。ビクトルは「私は家族を犠牲にして人の道を選んだ。お前が何を選ぶかはお前が決めることだ」と言い残し、銃を持つ工作員の手を取った・・・。そのころ、理得は、「野上」からもらった手袋を握り締め、何かを感じながら現場へ向かっていた───

化学者ビクトル（ジョニー吉長）を殺害した工作員（金城武）は、刑事佐伯（宮沢和史）の銃弾で深手を負いながらも、現場を逃げおおせた。工作員を追って現場に現れた理得（中山美穂）は、佐伯に、ビクトルと工作員が父子であることを話す。さらに工作員が空港で殺した弟の遺髪も発見され、佐伯の執念は燃え上がる。佐伯は、工作員が接触すると見て理得のマークを強めることにする。 理得は、工作員が「野上」と名乗っていたころの思い出の教会に足を運ぶ。なんと懺悔室に血まみれの工作員が倒れており、自宅へ運んで手当てを始めた。 佐伯は、理得の家の窓に男の人影が映るのを見て、踏み込む。が、その影は、理得の妹まりあ（仲間由紀恵）の恋人・成次（東幹久）のもので、成次は、その場を旨く誤魔化してくれた。そのあと、工作員は理得に自分の名前を告げ、家を出て行くことに決める───

「おれはユーリだ」と名前だけ告げて去った工作員（金城武）の面影を胸に、理得（中山美穂）は日常に戻った。が、刑事・佐伯（宮沢和史）は、執拗に理得を追う。自宅に戻った理得は愕然とした。家財一式すべて何者かに持ち去られていたのだ。佐伯は、工作員の証拠隠滅行動と読み、理得を問い詰めるが、理得は頑としてユーリとの関係を語らなかった。 そのころ、ユーリは「吉岡」という男に成りすまし部屋を借りていた。仲間のナオミ（Fayray）の部屋に行くと、理得の持ち物が置いてある。家財を運び出したのはナオミとカイ（村田充）だった。ユーリは、動揺を隠し、テロ用の爆弾を作り始めた。 一方、理得は、成次（東幹久）に階段から突き落とされて入院した妹のまりあ（仲間由紀恵）に付き添っていた。まりあも成次と縁が切れそうで安心する理得だった。 ユーリがナオミの部屋へ入ると爆弾がない。ナオミは「怖いのは指紋じゃない。あの女の口だ」と言う。その頃、理得には「お詫びを送った」というEメールが届いていた。飛び出すユーリ。走って理得の家へ向かう。戸口に届いている宅配便を開けようとする理得。そこにユーリが飛び込んできた────