遠い未来、神州（日本列島）を舞台に「聖譜」に基づく歴史のやり直しが行われている世界。聖譜暦1648年を迎え、繰り返すべき歴史記述のない末世が迫っていた。そんな中、航空都市艦「武蔵」にあるアリアダスト教導院に通う三年梅組の生徒たちはいまだ変わらない日常を送っていた。彼らは授業と称した攻撃・妨害も何でもありの“追いかけっこ”を始めるが、その中に主人公、葵・トーリの姿はない。無能ゆえ“不可能男（インポッシブル）”と呼ばれる、総長にして生徒会長である葵・トーリの行方は果たして…。

政治家を志す苦学生、本多・正純は、餓死寸前で倒れているところをパン屋兼軽食屋「青雷亭」で働く自動人形・P-01sに発見され、店内へ保護される。3年梅組に馴染めずにいた正純は、青雷亭店主から後悔通りを調べるようアドバイスをもらうのだった。一方その梅組では、葵・トーリが告白前夜祭として、夜の教導院での肝試しを提案する。それぞれの思いが動き始める中、武蔵は暗雲漂う三河へと到着する――。

夜の幽霊祓いに向け、買い出しなどの準備を進める梅組の面々。そんな中、トーリは10年ぶりに後悔通りに立ち入ろうとしていた。しかし、なにか因縁があるのか、挙動不審のトーリ。そんな彼を教導院前から見守る喜美は、愚弟と呼びながらも、弟のことはやはり心配な様子で…。

三河で本多・忠勝、榊原・康政と再会した酒井・忠次。久しぶりに松平四天王が揃ったかと思われたが、そこに井伊・直政の姿はなく、酒井は井伊が“公主隠し”にあったのだと聞かされる。一方、武蔵のアリアダスト教導院では、トーリの告白前夜祭として幽霊祓いが行われていたが、突然、新名古屋城方面から謎の光の柱が立ち上り、祭りは中断。トーリの告白を前に、なにかが動き出そうとしていた――。

花火の正体は、三河の君主、松平・元信が仕掛けた地脈炉の暴走だった。まさに消滅せんとする三河の地で、世界に向けてその目的、そして大罪武装の正体を語り始める元信。そんな元信の野望を阻止すべく、聖連によって三征西班牙（トレスエスパニア）の“西国無双”立花・宗茂が送り込まれるが、その前に“東国無双”本多・忠勝が立ちふさがる。ぶつかり合う宗茂の大罪武装「悲嘆の怠惰」と、忠勝の神格武装「蜻蛉切」。末世を迎えた世界が、動き始める――。

松平・元信の策略により、地脈炉の暴走で三河の地は消滅し、元信の娘であり三河君主の継承権を持つホライゾン・アリアダストは、その責任を負うため聖連によって自害させられることが決定した。P-01sがホライゾンであることを知り、三年梅組のメンバーは彼女を助けに行くかどうかの話し合いを始めるが、肝心のトーリは机に突っ伏したまま。そんな中、授業が始まり、オリオトライが出した課題は「私がして欲しいこと」をお題にした作文。そして、鈴の作文を浅間が代理で読み始めるが――。