34のスーパー戦隊が、宇宙帝国ザンギャックを撃退した「レジェンド大戦」から数年後…。再び、ザンギャックが地球侵攻を開始! その最中、とんでもない5人が地球にやってきた。その名は海賊戦隊ゴーカイジャー! 宇宙最大のお宝を探す5人の冒険が、今、始まる!!

ザンギャックに関わってしまった海賊たち。面倒が増える前にお宝を探そうと、手がかりとなる「黒い服を着た人間」を捜索開始。そんな5人の前に、お宝のことを知る黒い学生服の少年が現れる。マーベラスは、少年に隙をつかれてレンジャーキーを盗まれてしまう。

攻撃を受け、無人島に不時着するゴーカイガレオン。敵の攻撃で森の中に吹き飛ばされたマーベラスとハカセの前に黒いローブを着た謎の青年が現れる。宇宙最大のお宝の在り処を知りたければ俺を捕まえてみな、と挑発する青年を追う2人だったが…。

ジョーとアイムは、街を破壊するゾドマスを発見。戦いを挑むジョーだが、ゾドマスの剣攻撃を受け、負傷してしまう。それでもジョーは、単独で打倒ゾドマスの特訓を開始。仲間に頼らないジョーのことが理解できないアイムは、特訓を止めようとするが…。

お宝の手がかりを求めて、警察署へ向かう海賊たち。しかし署内で宇宙警察のジャスミンに発見され、マーベラスは海賊行為の疑いで手錠をかけられる。5人は隙を突いて退散するが、マーベラスは宇宙警察のボス、ドギー･クルーガーに行く手を阻まれる!

大金持ちの春日井親子と知り合ったルカ。父の高蔵に気に入られ、ルカは高額な報酬と引き換えに屋敷で働き始める。だが、汚れたぬいぐるみを捨てようとして、娘の小牧に嫌われてしまう。その矢先、屋敷内にある「金のなる木」を狙って、ナノナノダが現れた!