坂井悠二の高校生活は始まったばかりだった。 また、それはずっと続く日常になるはずだった。 だが、悠二は見てしまった。 学校の帰り道、商店街の風景が止まり、人々が燃え、 その炎をマネキンと巨大な人形が吸い込んでいく、あまりにも異様な景色を。 大太刀を振るう、炎髪と灼眼の少女を。 それは、悠二の高校生活に終止符を打つに十分な事件だった。

坂井悠二は死んでいた。 今の彼は、“紅世の徒”に存在を食われた後の残りかす。 残りわずかな時間で、誰にも気付かれず消え去っていく灯火。 人間には見えるはずのないそれを、灼眼の少女はトーチと呼んだ。 だが、悠二には見えた。 そして、クラスで机を並べているクラスメイト・平井ゆかりの中にもトーチがあった。 今にも消えそうなトーチが。

平井ゆかりは死んでしまった。 正確にはトーチの火が消えたのだが、悠二にとってそれは死と同じ意味を持っていた。 その悲しみの中、悠二は灼眼の少女に名前を付ける。 「君はシャナ、もうただのフレイムヘイズじゃない」。 だが、その翌日、学校に行くとクラスメイトが過去の存在も消え失せたはずの平井ゆかりを覚えていた。 ・・・彼女はそこにいた。

シャナは悠二の家にいた。 その身に宝具を納めた“ミステス”である悠二を、頻繁に事件を起こしている“紅世の徒”フリアグネから守るため。悠二を囮にフリアグネを狩るために。 だが、“紅世の徒”を追う新たなフレイムヘイズが現れた。 “紅世の王”蹂躙の爪牙マルコシアスと、弔詞の詠み手マージョリー。 今、フレイムヘイズ同士の戦いが始まる。

フリアグネは気付いた。 自らの計画のため配置したトーチが徐々に消えて行くことを。 フレイムヘイズではない何者かがこの街にいることを。 そして、その者を狩るため力を使った時、弔詞の詠み手マージョリーと接触する。 一方、シャナと離れ同級生の吉田と出掛けた美術展で、悠二は新たな“紅世の徒”と会話をしていた。彼の名は、屍拾いラミー。 マージョリーが追っている徒だった。

シャナは自分の気持ちに苛立っていた。 ただのトーチである悠二の存在が、その要因なのか。 その苛立ちが頂点に達した時、フリアグネの計画が動き出した。 それに気付き、戦いの場へ急ぐシャナ。奴の自在式を止めなくては、この街は崩壊する。 残された悠二の中で、ラミーの言葉がリフレインする。 「本当にいいのか、今のままの君で」。そして悠二は決断する。