それは、1946年、カリフォルニアの森の中から始まった。両親とピクニックに来ていた8歳の少女マイアが忽然と姿を消したのだ。その後、何年にもわたって、人種も年齢も異なる何千人もの人々が、世界各地で跡形もなく失踪。しかし、これらの事件に繋がりを見出した者はおらず、どのケースも謎の失踪として片づけられていた。

4400の力があらわれ始める。生還者の一人、ベイリーが自分の会社を乗っ取ったケンジントンを殺した疑いで逮捕され。死因は、前代未聞の頭蓋骨の粉砕。しかし、ベイリーは、ケンジントンに直接手を下してはおらず、もし彼が犯人なら念力で人を殺したことになる。

別の場所でも、4400の一人が力に目覚めていた。真面目な店員のカールは、妻グレイスとの思い出の場所ブラッドリー･パークの治安を取り戻そうと、自分に授かった超人的パワーをフル活用。強盗をやっつけ、レイプされかかっていた女性を救い出す。新聞ネタにもなり、それを聞きつけたトムとダイアナは、捜査を開始。しかし、カールの自警員として行動は、ますますエスカレート。たったひとりで、公園を、そして町をも救おうとするのだが…。

世間の4400への風当たりが高まる中、さらに国民をあおる事件が発生。21年ぶりに、連続殺人鬼が現れたのだ。容疑者は、4400の一人でもあるノックス。トムとダイアナは早速、フライデー･ハーバーへ向かう。

カイルが目覚めた。しかし、どうも様子が違う。記憶も混乱していて、まるで別人のようだ。とはいえ、トムにとっては、喜ばしいニュース。その一方で、4400たちの名前と住所がネットに流出してしまう。

奇行に走るカイルが、「僕はカイルじゃない」と衝撃の告白。困惑するトムとリンダは、カイルを病院へ。そしてトムが自宅へ戻った隙に、ライテルたちがカイルを病院から連れ出し、どこかへ収容してしまう。