A.D.POLICEの佐々木健児は、事件となるといつも一人で暴走するため、今までに相棒を犠牲にしたことは一度や二度ではない。今度もまたパートナーのポールが、瀕死の重傷を負った。今度こそ彼と組む者はいないと噂する仲間たち。その夜、健児は一人ポールの行きつけのバーに足を運ぶ。そして、そこでハンス・クライフというドイツ人と殴り合いの喧嘩になる。翌日、健児を待っていた新しい相棒とは、昨夜のハンスだった…。

新しくパートナーを組んだ健児とハンスだが、健児はまともに口を聞こうとさえしない。閉口するハンス。そんな中で、ポールが再び事件に巻き込まれる。彼を乗せた救急車の運転手ブーマが暴走してナノ・スタンビート（変貌）を始めたのだ。初めて協力し合って、ポールを救出する健児とハンス。一方、ハンスは、過去の怪我の後遺症の治療で、美しい看護婦・結城聡美と出会う。

ポールの敵を討とうとするA.D.POLICEは、改造ブーマの密造工場を突き止める。だが、巧妙に法の目を潜って取引をするシンジゲートの幹部リーアムの手口に、手を出せない。苛立った健児は、一人密造工場に乗り込む決意をする。無言で、それに付き合ったのは、相棒のハンスだった。九死に一生を得て生還した二人の間には、確かな信頼が芽生え始めていた。

健児に、唯一心の安らぎを与えてくれる恋人の恭子は、音大でバイオリンを学ぶ学生だ。近く行われる卒業コンサートには、必ず行くと約束する健児。だが当日、恭子はブーマ犯罪に巻き込まれ美術館に拉致されてしまう。いつものように力ずくで恭子を救おうとする健児を制止して、必死に地道な救出活動を繰り広げるA.D.POLICEの仲間たち。今度ばかりは、仲間の有り難さを思い知る健児だった。

リーアムが、A.D.POLICEに自首してきた。仕事でミスをし、ボスのメイスンから制裁を受けるのを恐れてのことだった。メイスンを逮捕できる情報と引き替えに、自分の身の保証を求めているリーアム。彼の情報を信じ、メイスンが狙っているというゲノム社の最新鋭ブーマの輸送を警備するA.D.POLICE。だが、それは、A.D.PPLICEとゲノム社の警備チームを罠にはめ、最新鋭ブーマを横取りしようというリーアムの策謀だった。

パッカー・シンジゲートから大量の密造ブーマを押収するA.D.POLICE。それは、見事なトラップを仕掛けたホセの活躍によるものだった。だが、腹を立てたリーアムは、ホセの妻子を人質に取り、押収ブーマとの交換を申し出る。愛する家族を救うため、必死になるホセ。仲間の協力で、ようやく無事に二人を救出したかに見えた時、ホセの背後で時限爆弾が炸裂した。