地球を壊滅状態に追いやった核戦争から97年。当時、幸運にも難を逃れた者は、以来“アーク（箱船）”という宇宙ステーションで暮らしていた。だがアークは破滅の危機を迎え、今、100人の少年院収容者が地球に降ろされる。地球の大気が、人間の住めるまで回復したかを試すために…。(C) 2014 Warner Bros. Entertainment Inc. All rights reserved.

ジャスパーが生きていることに気づき、クラーク、ベラミー、オクタヴィア、フィン、モンティが彼を捜しにいく。だが、ジャスパーの痕跡を追いながら進む彼らの目の前に、想像を絶する恐ろしい光景が突然現れる。その頃アークでは、アビーが地球に行くことを決意していた。(C) 2014 Warner Bros. Entertainment Inc. All rights reserved.

クラークたちは、ジャスパーの傷を治すため、抗生物質になる藻を必死に探す。ベラミーたちは食物を探していたが、13歳の少女と出会い行動を共にする。だが濃い霧が立ちこめ、古いバンに逃げ込んだ時、クラークは、父の死に関する事実をウェルズから聞きショックを受ける.(C) 2014 Warner Bros. Entertainment Inc. All rights reserved.

仲間の1人が衝撃的な死を遂げた後、アークとコミュニケーションを取る方法について模索していたクラークとフィンは、少しずつ親しくなっていく。一方ベラミーは、みんなが互いを頼りすぎないように警告する。そして、地球での生活はかなり厳しい局面を迎えていた。(C) 2014 Warner Bros. Entertainment Inc. All rights reserved.

クラークとフィンの間に芽生えた恋が脅かされる。一方アビーは“アークの人口を減らす”というケインのおぞましい計画を暴露する。そんな中、アビーとジャハ議長は、ある信号に気づき、地球に降りた“100人”のうち少なくとも何人かはまだ生きていることを確信する。(C) 2014 Warner Bros. Entertainment Inc. All rights reserved.

オクタヴィアを捜すため、ベラミーが仲間を連れてグラウンダー（地球人）のテリトリーに入っていく。一方レイヴンは、フィンとクラークが深い関係になっていることに気づく。そんな中、ベラミーは、自分とオクタヴィアがアークで過ごしたつらい子供時代を思い出していた。(C) 2014 Warner Bros. Entertainment Inc. All rights reserved.