자비에를 죽이고 사악한 돌연변이들을 해방하기 위해 매그니토는 부활한 진 그레이, 최강의 돌연변이 피닉스를 이용해 엑스맨들과 맞선다. 로건은 자비에의 오리지널 팀 멤버들을 모으러 다니는 과정에서 스톰과 가까운 관계로 발전하고, 로그와 아이스맨은 자신들의 운명과 함께 엑스맨의 미래를 개척해 나간다.