신라컴퍼니는 라이프스트림이 제공하는 에너지를 바탕으로 드디어 세계를 정복하게 된다. 하지만 이에 맞서는 솔져 세피로스와의 오랜 전쟁으로 세상은 무너져 내렸다. 이와 더불어 현재 사회에는 지오스티그마라는 병까지 등장해 모두가 혼란을 겪고 있다. 세피로스의 세포를 이어받은 클라우드라는 남성은 지오스티그마의 해결책을 찾고 악의 혼돈으로부터 세상을 구하고자 나선다.