차원의 세계들이 병합된 지 1년이 지난 시점, 애린과 소라는 사냥을 당하는 어린 드래곤 리유를 구하기 위해 고군분투한다.

아린과 소라를 구출한 로이드는 아기 드래곤 리유와 함께 탈출하는 데 성공한다. 로이드의 지도를 조사한 닌자들은 리유가 부족과 재회할 수 있도록 도와주려 한다.

사원에서 몰래 탈출한 아린과 소라는 크로스로드 축제에 참가해 새로 익힌 훈련법을 실전에 적용해 볼 수 있는 기회를 포착한다.

카이가 타고 떠났던 드래곤 전함이 조종사 없이 수도원을 향해 돌진해 온다. 로이드, 아린, 소라와 리유는 전함 내부의 단서를 통해 카이가 있는 장소를 알아내려 한다.

닌자들은 클라우드 킹덤에 나타난 괴물로부터 도시를 지켜내려 한다. 아린과 소라가 유프라시아와 대결하는 동안, 니야는 머지에 관한 두루마리를 찾으려 한다.

랩톤이 사용하는 기술을 목격한 소라는 임페리움이 자신의 발명품을 완성했다는 사실을 깨닫게 된다. 이에 소라는 기술을 무력화시키기 위해 임페리움으로 돌아가려 한다.