지극히 평범한 고등학생 사쿠라바 잇토키는 거의 매일 가다시피 하는 각종 학원과, 소꿉친구인 코세츠의 감시에 지긋지긋해하고 있었다. 그런 가운데 후배 미소녀인 츠바키에게 고백을 받게 되었다. 살면서 처음으로 찾아온 청춘의 순간에 잇토키는 들떴으나, 엄마인 유미카에게 교제를 그만두라는 말을 들었다. 잇토키는 그럼에도 데이트를 단행했는데...

갑자기 닌자가 될 것을 요구받게 된 잇토키. 수라라고 불리며 공포의 대상인 닌자 토키사다가 설득한 결과, 잇토키는 완전히 납득은 하지 못한 채로 닌자가 되는 걸 받아들였다. 그렇게 잇토키는 인술 학원에 입학하기 위해 편입 시험을 치르게 되었는데...

인술 학원에 입학하게 된 잇토키. 그곳에서 밝고 친절한 성격인 키레이와 미인이고 단아한 료코와 만나게 되어 앞으로의 생활에 대한 희망을 품게 되었다. 하지만 인술 학원에는 코가를 정점으로 하는 카스트가 있었고, 잇토키는 그만 코가의 엘리트 닌자인 스자쿠에게 찍히고 말았는데...

인구 시험이 다가오자 잇토키는 필사적으로 시험 대책에 임했다.한편, 토키사다는 코가에 대한 정보를 캐기 위해 사이가에 방문했다. 사이가는 코가로부터 하청 일 관련해서 갑질을 당해 힘들어하고 있었고, 토키사다는 조사를 위해 코가의 공장에 잠입했는데...

실기 시험이 다가왔다. 매년 사망자가 나올 정도로 위험한 시험이라는 얘기가 있는 가운데, 코가는 이를 틈타 잇토키를 죽이려고 벼르고 있었다. 죽이고 죽는 것이 용인되는 닌자의 세계에 잇토키는 의문을 품었지만, 스자쿠와의 대결을 앞두고 코세츠와 어떤 작전을 고안해냈는데...

여름 방학을 맞이해 잇토키는 이가 거점으로 돌아왔다. 키레이와 료코도 이가 거점에서 손님으로 머물게 되어, 같이 즐거운 한때를 보냈다. 이가 사람들의 따뜻한 마음에 잇토키가 감동받은 가운데, 키레이는 스자쿠에게 이가에 대한 정보를 흘리고 있었는데...