세상의 절망을 막기 위해 설립된 '미래기관'은 절망의 잔당을 감쌌다는 죄명으로 나에기 마코토를 추궁한다. 그리고 그때, 어디선가 등장한 모노쿠마가 살인 게임의 시작을 알린다.
에피소드 1
프롤로그. 절망 학원에 어서 오세요
나에기 마코토는 행운의 기회를 얻어 명문학교인 키보가미네에 입학하지만 이내, 학교의 사악한 목적을 알게 된다.
에피소드 2
CHAPTER 01. 살아남기일상편
사야카는 누군가 억지로 제 방문을 열려 했다며 겁에 질리고, 나에기는 그런 사야카를 위해 하룻밤 방을 바꿔보기로 한다.
에피소드 3
CHAPTER 01. 살아남기 비일상편
마이조노 사야카를 살해한 범인을 찾기 위해 학급 재판이 열린다. 학생들은 저마다의 이론을 제시하고, 나에기는 범인으로 몰린다.
에피소드 4
CHAPTER 02. 주간 소년 절망 매거진일상편
모노쿠마는 2층에 있는 수영장과 라커룸 출입을 허용한다. 한편, 24시간 내에 다른 쿠로가 나오지 않을 경우, 가장 숨기고 싶은 모두의 비밀이 폭로된다.
에피소드 5
CHAPTER 02. 주간 소년 절망 매거진 비일상편
프로그래머 후지사키 치히로가 여자 탈의실에서 살해된 채 발견된다. 토가미는 가해자가 타락한 연쇄 살인범임이 틀림없다고 주장한다.
에피소드 6
CHAPTER 03. 신세기 은하 전설 재림! 장갑용사여 대지에 서라!일상편
아사히나는 후지사키가 만든 AI 프로그램을 발견한다. 이시마루와 야마다는 프로그램을 공유하고 싶어 하지 않는다.
오가타 메구미
코스케 토리우미
이시다 아키라
사와시로 미유키
히카사 요코
키시 세이지
우에즈 마코토