14살의 소녀 오오토 아이는 늦은 밤 산책하던 도중 이상한 목소리에 이끌려 정체를 알 수 없는 '에그'를 손에 넣는다. 에그를 어떻게 처리할지 몰랐던 아이는 다음날 어제 그 장소에 다시 한번 찾아가기 위해 현관문을 열자, 문밖은 어째서인지 어느 학교의 교정과 연결되어 있었다. 이상한 분위기가 감도는 학교에 당황해 화장실로 도망쳐 들어온 아이는, 알 수 없는 목소리에 재촉당해 드디어 '에그'를 깨게 되는데...

아카와 우라아카의 목소리에 이끌려 도착한 지하 정원에서 아이는 대량의 에그를 구입한 소녀 아오누마 네이루와 만난다. 같은 처지에 있는 상대에게 아이는 흥미가 가득했지만 네이루는 그런 아이에게서 거리를 둔다. 또다시 혼자서 에그의 세계에 들어간 아이는, 그곳에서 레오타드 차림의 소녀 스즈하라 미나미와 마주하게 된다. 싸움에 임하는 아이에게 아카와 우라아카는 '원더 킬러를 쓰러뜨려라'라고 말하는데...

평소랑 다를 거 없이 지하 정원에서 에그를 사서 집으로 돌아가는 아이의 앞에 돌연 나타난 소녀 카와이 리카. 아이와 다를 거 없이 에그의 세계에서 싸우는 리카는 처음 만난 아이에게 돈을 빌려달라고 하거나, 집에 찾아오거나 하는 등 아이의 일상을 마구 휘저어놓는다. 누구에게나 스스럼없이 구는 리카를 네이루는 미덥지 않게 보지만, 아이의 집에서 머무르게 된 리카는 자신의 이야기를 꺼내는데.

리카가 전선에서 이탈해 미코와 마코를 지키면서 적과 싸워야 하는 상황에 처한 아이. 훨씬 불리해진 전황에 아이가 힘겨워하자 미코와 마코는 그들만의 방법으로 아이를 돕는다. 한편으로 또 다른 에그의 세계에선 사와키 모모에가 아이 일행처럼 싸우고 있었다. 모모에의 늠름한 모습에 에그 세계의 여자아이들이 연심을 품는 가운데, 이러한 소녀들의 감정은 모모에에게 과거에 있었던 어떤 사건을 떠오르게 했는데.

에그를 계기로 만나 우정을 다지게 된 아이, 네이루, 리카, 모모에 4인방. 매일같이 싸움에 임하는 4명 가운데서도 네이루는 남들보다 배는 많은 싸움에 몸을 던져, 갖가지 생각을 가지고 있는 소녀들과 만나왔다. 세상만사를 냉정하게, 그리고 논리적으로 받아들여 버리는 바람에 네이루는 그녀들의 생각을 잘 이해하지 못하고 있었다. 어느 날, 네이루는 리카, 모모에와 함께 아이의 집에 놀러 오게 되는데.

싸움에 점점 익숙해져 가는 주인공 일행의 앞에, 본체만체의 일부가 갑자기 '안티'가 되어 나타났다. 안티들이 노리는 것은 에그 안의 소녀들이 아니라 아이를 포함한 주인공 일행들. 새로운 적의 출현에 고전하는 주인공 일행에게 아카와 우라아카는 어떤 '보조 아이템'을 나눠준다. 에그 세계에서의 싸움이 점점 변화해가는 가운데, 현실 세계에서 아이의 엄마인 타에가 꺼낸 어떤 제안은 아이의 마음을 크게 뒤흔들어놓는데...