미군 병사가 바나나 피시라는 알 수 없는 말을 남긴 채 소총을 난사한 사건이 발생한 지 12년이 지난 뉴욕, 특출난 두뇌와 외모를 가진 애시 링크스는 도주 중이던 남성에게서 모종의 물건을 건네받는 한편, 바나나 피시에 관한 정보를 알게 된다. 그 후 애시는 대학생 오쿠무라 에이지와 함께 의미를 알 수 없는 단어에 얽힌 거대한 비밀을 풀어가기 시작한다.