우수한 학생을 모아 영재교육을 실시하는 '사립 에노시마 학원'. 중등부 2학년 오오토리 삿코는 무서운 걸 모르는 성격으로, 학교에서 겉도는 불량 학생이다. 그런 삿코가 마음을 연 소꿉친구, 이치키 사요가 죽고 마는데...

엘리먼트로 선발된 삿코와 리미야, 토시는 우주 보전 기구 에노시마 기지로 간다. 그곳에서 세 사람은 신화우주와 신화수에 대한 이야기를 듣게 되는데...

중등부 3학년 모모히메가 새롭게 엘리먼트 후보생으로 임명된다. 사요의 죽음의 진실을 알게 된 모모히메는 삿코와 리미야, 토시와 함께 세상을 지키기로 결심하는데...

리미야는 모모히메에게 동경인지 사랑인지 알 수 없는 마음을 품게 된다. 그 때문에 감정의 균형이 깨져 훈련에 잘 집중하지 못한다. 그러던 중 모모히메가 리미야에게 데이트 신청을 하는데...

7개의 불가사의가 떠도는 에노시마 학원에 새로운 엘리먼트 후보생이 전학을 온다.

하나는 모모히메를 향해 공격을 멈추지 않고, 선은 다른 엘리먼트들에게 괴수에 관한 알 수 없는 말을 한다.